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| Peumo |
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| Espinillo |
El sistema básico de clasificación de la vegetación nativa chilena (Gajardo 1983), determina que la Reserva Nacional Río Clarillo está inserta dentro de la Región ecológica del matorral y bosques esclerófilos y la Región ecológica de la estepa altoandina.
El paisaje vegetal se compone de litre (Lithraea caustica), peumo (Cryptocarya alba), y quillay (Quillaja saponaria) frangel (Kageneckia angustifolia), colliguay (Colliguaja integerrima), espinillo (Adesmia arbórea), frangel (Kageneckia angustifolia), guindillo (Valenzuelia trinervis), pingo‑pingo (Ephedra andina), acompañado de flores silvestres del género Alstroemeria, Calandrinia, Calceolaria, Chloraea, Clarkia y Mutisia. Ocupando sectores altos se encuentra ciprés de la cordillera (Austrocedrus chilensis), frangel (Kageneckia angustifolia). Mención especial merecen los ambientes húmedos asociados a márgenes de curso de agua, donde coexisten lingue, peumo, chequén (Myrceugenella chequen), canelo, sauce chileno (Salix
hilensis), maquicillo (Azara petiolaris), maqui (Aristotelia chilensis) y quilo (Muehlenbeckia hastulata).
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| Rayadito |
Fauna
La fauna existente en la reserva está asociada a las distintas formas vegetacionales, la gradiente altitudinal y el sistema hídrico, respondiendo al medio ambiente circundante. Por una situación climática moderada la zona mediterránea donde se encuentra inserta esta área de manejo, permitió el desarrollo de una fauna de tipo templado, caracterizada por una menor diversidad, forma y colorido. Es así como entre las aves se puede citar al comesebo (Pygarrhichas albogularis) y al rayadito (Aphrastura spinicauda). En cuanto a los mamíferos, se puede plantear que la mayoría es de origen neoártico, evidenciando a los Caninos, Mustélidos y Félidos.
Hidrografía
El sistema hidrográfico está conformado por dos cuencas mayores: Cajón de Los Cipreses y Cajón del Horno, cuya confluencia a los 1.100 m.s.n.m. origina el Río Clarillo, con una extensión de 8,6 km. hasta el límite norponiente de la unidad. Como cuencas menores destacan por el norte las subcuencas El Maitén y Rincón de los Bueyes. Todas son del tipo exorreica, al ser afluentes de la gran hoya hidrográfica del río Maipo. El régimen del Río Clarillo es mixto, combinando el régimen pluvioso en épocas invernales, que aumentan visiblemente su caudal, con el nivoso, esencialmente con deshielos primaverales que se mantienen luego durante todo el verano.
Geomorfología
La cuenca de la Reserva Nacional Río Clarillo ocupa una fosa muy definida que está orientada de norte a sur y pasa por completo en la formación granítica denominada batolito andino, que es el basamento cristalino ígneo de una extensa zona cercana al llano central, en el límite de las cuencas de los ríos Maipo y Cachapoal. Geológicamente predominan las rocas ígneas del tipo granito y grano‑dioritas y dioritas de coloración gris clara a blanquecino‑rosada.



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